Gemini
以下是基于程朱理学的核心要义，对陈京元博士案件的分析。
程朱理学之要，在于明辨“天理”与“人欲”。天理者，宇宙之公理，人心之良知，万事万物之当然之则也。人欲者，私心之蔽，气禀之偏，越分非理之妄念也。治学、为政、处事，皆当以“存天理，灭人欲”为鹄的。今以天理观之，陈京元一案，是非曲直，昭然若揭。
一、 穷理与致知：学者之行，合于“格物”之功
理学家言，“格物致知”乃修身之始。所谓“格物”，即穷究事物之理。天下万物，一草一木，皆有其理；人间万事，一言一行，亦有其理。学者之本分，在于“即物而穷其理”，通过对外部世界的广泛探究，来印证并唤醒自己内心的天理。
陈京元博士之所为，乃“格物”也。他身为学者，翻墙阅览域外之资讯，转发评议不同之观点，其动机并非源于私心杂念之“人欲”，而是出于穷究事理、扩充知识之“天理”。欲知山之全貌，必登其顶；欲知水之流向，必溯其源。一个真正的学者，若只读圣贤之书，不闻窗外之事，是为“蔽于一曲”，其知必不全，其理必不明。故其行虽或有不合于一时一地之政令，然其心之所向，乃是“致知”，是为求天理之大公，此心可昭也。
二、 人欲之蔽：司法之判，乃“私心”之果
人心之中，既有“道心”（天理之发见），亦有“人心”（人欲之所生）。司法者，国之公器，其判决本当为天理之彰显。然观昆明司法之行，其所为非为天理，而为人欲。
法官普会峻之心，为人欲所蔽。其判决之逻辑，破绽百出。
以“高学历”推定“明知”，此非天理之公，乃是出于个人揣测臆断之私。天理要求以实证察，而非以身份度人。
不察“严重混乱”之实据，而凭空断言，此非天理之实，乃是为达成预定结论而罔顾事实之私。
回避学者之申辩，禁其言语，此非天理之明，乃是畏惧真理、维护权威之私。
此等私心，即是“人欲”。或为惧上峰之威，或为求自身之安，或为图结案之便。种种私欲，如浮云蔽日，遮蔽了其心中本然之天理。故其判决，看似引经据典，实则根基已坏。其所作所为，正是“人欲横流”之体现。一个被私欲充满的判决，绝无可能是公正的。
三、 “存天理，灭人欲”：此案之正道
对此案，当如何处之？曰：唯有“存天理，灭人欲”而已。
于司法者而言，普会峻、葛斌之流，当深刻反躬自省，以“格物”之精神，重新审视此案之理。格一物，则明一理。当格“何为证据”之物，以明“不可臆断”之理；当格“何为学者”之物，以明“不可禁言”之理。勘破心中之私欲，还天理之本来面目，撤销此枉法之判决，此乃为官之正道。
于为政者而言，当知“天下之治乱，在万民之得失，而本于天理人心之顺逆而已”。若以人欲治国，虽一时可收压制之效，然天理不彰，民心不服，其乱必不远矣。当广开言路，使天下之理得以交锋辩明；当任用贤能，使心中有天理之君子居于庙堂。
于陈京元博士而言，其身陷囹圄，乃是“贫贱忧戚，庸玉汝于成也”。此困厄，正是砥砺其心志、使其更明天理之机。其“终身追责”之志，若发于天理之公，为天下伸张正义，则为大义；若沦于个人恩怨之私，则亦是人欲。当常存敬畏之心，以使此行不偏离天理之正轨。
结论：
陈京元一案，其根本乃是“天理”与“人欲”之争。学者以“格物致知”之心，行探究天理之事；而司法者以“人欲横流”之心，行遮蔽天理之事。其是非之判，不待智者而能知也。国之长治久安，必在人欲之澄息，天理之流行。